Bộ giáo dục chịu trách nhiệm chính thức về giáo dục tại Somalia, với khoảng 15% ngân sách chính phủ được chi tiêu cho các định chế giáo dục. Năm 2006, vùng tự trị Puntland ở phía đông bắc là vùng lãnh thổ thứ hai ở Somalia sau Somaliland đưa vào thực hiện phổ cập giáo dục tiểu học, với các giáo viên hiện nhận lương từ cơ quan hành chính Puntland.[108] Từ 2005/2006 đến 2006/2007, đã có sự gia tăng đáng kể số lượng trường học ở Puntland, tăng thêm 137 cơ sở so với chỉ một năm trước đó. Trong cùng thời gian này, số lượng lớp học trong vùng tăng thêm 504, với 762 giáo viên nữa. Tổng số học sinh đăng ký tăng 27% so với năm trước đó, và số lượng học sinh nữ chỉ hơi thấp hơn số học sinh nam ở hầu hết các vùng. Nơi có tỷ lệ đăng ký theo học lớn nhất là vùng Bari phía cực bắc, và nơi có tỷ lệ thấp nhất là vùng Ayn ít người ở. Sự phân bố các lớp học hầu như đồng đều giữa các vùng đô thị và nông thôn, với số lượng học sinh và giáo viên tại các lớp học vùng đô thị cao hơn tại vùng nông thôn.[109]

Giáo dục cao học tại Somalia hiện chủ yếu là tư nhân. Nhiều trường đại học trong nước gồm cả Đại học Mogadishu, đã được xếp vào danh sách 100 trường đại học tốt nhất ở châu Phi.[110] Các trường đại học khác cung cấp giáo dục cao học ở miền nam gồm Đại học Benadir, Đại học Quốc gia Somalia, Đại học Kismayo và Đại học Gedo. Tại Puntland, giáo dục cao học được cung cấp bởi Đại học Nhà nước Puntland và Đại học Đông Phi. Tại Somaliland, giáo dục cao học được thực hiện bởi Đại học Amoud, Đại học Hargeisa, Đại học Kỹ thuật Somaliland và Đại học Burao.

Các trường Qu'ranic (cũng được gọi là duqsi) vẫn là hệ thống căn bản của việc giảng dạy tôn giáo truyền thống ở Somalia. Chúng cung cấp giáo dục Hồi giáo cho trẻ em, vì thế thực hiện một vai trò tôn giáo và xã hội trong nước. Được biết tới như hệ thống địa phương không chính thức ổn định nhất của giáo dục tôn giáo căn bản và giáo dục đạo đức, sức mạnh của chúng chủ yếu dựa trên sự hỗ trợ của cộng đồng và việc sử dụng những công cụ giảng dạy làm tại địa phương và có sẵn. Hệ thống Qu'ranic, vốn có số lượng học sinh lớn nhất so với các hệ thống giáo dục khác, thường là hệ thống có thể tiếp cận duy nhất của những người Somalia du mục so với các vùng đô thị. Một cuộc nghiên cứu năm 1993 phát hiện, trong số các điều khác, khoảng 40% học sinh tại các trường Qur'anic là trẻ em nữ. Để giải quyết những thiếu sót trong giảng dạy tôn giáo, chính phủ Somalia về phần mình cũng đã thành lập Bộ Hiến tặng và các Công việc Hồi giáo, theo đó giáo dục Qur'anic hiện đang được quản lý.[111]